Qua khảo sát tại đơn vị, tác giả rút ra được một số hạn chế và nguyên nhân tồn tại của hạn chế, đó là: Môi trường kiểm soát: Từ năm 2018 đến nay, KBBD chưa tuyển dụng được công chức mới, tuổi đời của CBCC tại đơn vị trung bình trên 45 tuổi, có những công chức trong độ tuổi nghỉ hưu nên lãnh đạo cũng còn nới lỏng trong nhắc nhở quán triệt thực hiện nội quy về giờ giấc hay tác phong làm việc tại đơn vị. Mặc dù ở đơn vị có nhiều kế hoạch luân chuyển CBCC đến những vị trí làm việc mới hay phải đi các KB cấp huyện công tác nhưng cũng hạn chế do công chức lớn tuổi nên không muốn di chuyển xa hoặc nhận nhiệm vụ mới thì việc nắm bắt quy trình mới còn chậm. Hay việc đi lại luân chuyển chứng từ trong cơ quan cũng không còn nhanh nhẹn.Đánh giá rủi ro: KBNN đã có những dự thảo hay ban hành Quyết định khung quản lý kiểm soát rủi ro trong hoạt động thanh toán điện tử. Nhưng rủi ro lúc nào cũng tiềm tàng xung quanh mọi hoạt động kế toán đặc biệt trong công tác thanh toán với KB nên đôi khi việc hướng dẫn về đề phòng rủi ro giữa KB với đơn vị còn mất nhiều thời gian hay phải nhắc nhở thường xuyên. Hoạt động kiểm soát: Quy trình TTĐT tại đơn vị được thiết lập rõ ràng tuy nhiên còn bị ảnh hưởng khách quan về mặt sức khoẻ và tuổi tác của những CBCC tác nghiệp trong quy trình. Tại văn phòng KBBD có 02 phòng nghiệp vụ đều thực hiện công tác thanh toán. Khâu thanh toán đi ngân hàng cuối cùng lại có nhiều người dùng là thanh toán viên truy cập dẫn đến khó kiểm soát đối chiếu số liệu thanh toán kế toán hàng ngày, còn xảy ra trường hợp lệnh thanh toán bị lỗi hay bỏ quên chưa ký duyệt mà thanh toán viên không phát hiện. Thông tin và truyền thông: Các chương trình ứng dụng ngày càng cập nhật và đổi mới trong khi CBCC tại đơn vị lớn tuổi, việc nghiên cứu và thao tác một cách thành thạo các chương trình mới còn hạn chế. Lượt truy cập trên các hệ thống DVC, TABMIS, TCS, TTLNH, TTSPĐT,... bao gồm các đơn vị tham gia công tác thu, chi NSNN từ trung ương đến toàn bộ 63 tỉnh thành nên truyền thông quá tải dẫn đến lỗi, chứng từ thanh toán bị ứ đọng. Phải chờ đội hỗ trợ công nghệ thông tin của trung ương xử lý, quá trình đối chiếu số liệu cuối ngày bị ảnh hưởng có thể phát sinh chênh lệnh. Văn bản, chế độ mới ban hành nhưng các mẫu biểu trên hệ thống TTĐT chưa được cập nhật mới do việc lập trình bổ sung hay thay mới mẫu biểu mất nhiều thời gian nghiên cứu trình lãnh đạo phê duyệt để hoàn thiện. Giám sát: Lượng nghiệp vụ phát sinh hàng ngày rất nhiều nên khó tránh khỏi những sai sót, đôi khi CBCC không kịp phát hiện ra để kịp thời xử lý. Dù ban lãnh đạo các cấp luôn quán triệt công tác kiểm tra nội bộ phải chặt chẽ và thường xuyên đối với mọi hoạt động nghiệp vụ tại đơn vị nói chung cũng như những công tác TTĐT nói riêng. Nhưng do khối lượng công việc ngày càng phát sinh nhiều trong khi nguồn nhân lực lại giảm dẫn đến chất lượng tự kiểm tra, giám sát từ mỗi CBCC và phòng nghiệp vụ không được cao.

Nguyên nhân tồn tại: Những hạn chế xuất phát từ bản thân các CBCC tại đơn vị như: sự vô ý, bất cẩn, chủ quan trong quá trình tác nghiệp trên các hệ thống ứng dụng điện tử, hiểu sai chỉ dẫn của cấp trên hay hiểu sai các báo cáo của cấp dưới. Có sự thông đồng giữa cán bộ KB với đơn vị giao dịch cũng như doanh nghiệp liên quan trong công tác thu, chi NS. Hoạt động kiểm soát chỉ quan tâm đến các nghiệp vụ thường xuyên phát sinh mà ít chú ý đến những nghiệp vụ không thường xuyên, nên các sai phạm trong tình huống này hay bị bỏ qua. Yêu cầu của nhà quản lý là chi phí bỏ ra cho hoạt động kiểm soát phải nhỏ hơn giá trị thiệt hại được tính do sai sót hay gian lận gây nên. Luôn tiềm ẩn khả năng các cán bộ có trách nhiệm kiểm soát đã lạm dụng quyền hạn của mình để trục lợi riêng. Điều kiện hoạt động của đơn vị đã thay đổi dẫn đến những thủ tục kiểm soát không còn phù hợp.