Luận văn đã tìm hiểu cơ sở lý luận về thuế GTGT và hoàn thuế thuế GTGT, đồng thời kết hợp khảo sát chuyên gia và tham khảo số liệu thống kê tại Chi cục thuế Thị xã Thuận An nhằm đưa ra được những kết quả, hạn chế, nguyên nhân trong quá trình kiểm soát hoàn thuế GTGT tại đơn vị; đề xuất một số phương hướng và giải pháp cơ bản nhằm hoàn thiện kiểm soát quy trình hoàn thuế thuế GTGT tại Chi cục thuế Thị xã Thuận An như: Tiếp tục cải cách các thủ tục hành chính liên quan đến các khâu trong quá trình kiểm tra hoàn thuế; Tăng cường công tác quản lý hóa đơn chứng từ; Chú trọng hơn nữa một số nội dung công tác kiểm tra hồ sơ hoàn thuế và kiểm tra sau hoàn thuế; Nâng cao trình độ đội ngũ cán bộ thuế; Tăng cường tuyên truyền, tập huấn các chính sách pháp luật mới về thuế.